成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其…

　　14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺…

　　在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（…

15年前，一场前所未有的大灾难“第二次冲击”席卷全球，令半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。15年后的日本，14岁的少年碇真嗣被三年未见面的父亲碇源堂召来第3新东京市，等待接驳时，眼前的山间突然出现被称为“使徒”的巨大…

在真嗣沉睡的14年间到底发生了什么？明日香的身上又发生了什么样的变故？绫波零又将面临什么样的结局？神经元的目的逐渐浮出水面，维勒为了阻止神经元，整装待发前往最终决战之地！再见了，所有的新世纪福音战士。

在真嗣沉睡的14年间到底发生了什么？明日香的身上又发生了什么样的变故？绫波零又将面临什么样的结局？神经元的目的逐渐浮出水面，维勒为了阻止神经元，整装待发前往最终决战之地！再见了，所有的新世纪福音战士。

15年前，一场前所未有的大灾难“第二次冲击”席卷全球，令半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。15年后的日本，14岁的少年碇真嗣被三年未见面的父亲碇源堂召来第3新东京市，等待接驳时，眼前的山间突然出现被称为“使徒”的巨大…