幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵…

　　“TOKYO MER”正式认可半年。为了在全国政令指定城市开展MER，代替离开队伍的音羽（贺来贤人）的第二医生问题让喜多见（铃木亮平）头痛不已。在队伍内希望比奈（中条绫美）升格的声音也提高，不过，音羽断言比奈应该向循环器外科的道…