莲川一也（佐佐木望 配音）是一个平凡的少年，和哥哥莲川一弘（井上和彦 配音）过着相依为命的生活。哥哥即将结婚了，可是，他的结婚对象竟然是一也的初恋，这让初涉爱河的一也备受打击，感到在家中毫无容身之处。　　终于，一也升入…

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其…